Con el propósito que la enseñanza aprendizaje sea continua, progresiva y que favorezca una estrecha relación entre la teoría y la práctica; se busca que este proceso permita a los estudiantes, adquirir conocimientos, habilidades, destrezas y valores para la atención de los problemas de salud de los diferentes grupos poblacionales. Se plantea el plan de estudio con tres áreas de formación: Básica, pre clínica y clínica, finalizando con el área de internado rotatorio y año de servicio social. Las asignaturas del área básica proporcionan los conocimientos generales de las ciencias naturales, sociales y éticas. Desarrollando el conocimiento de las ciencias naturales como fundamento para la carrera; conocimiento del mundo social y el conocimiento de la persona humana desde su enfoque teológico, antropológico, psicológico y ético. El área pre clínica ayuda a ampliar la visión integral del ser humano y sirven de base o fundamento para el estudio de las asignaturas del área clínica. Las asignaturas comprendidas en el área de formación clínica permiten adquirir los conocimientos, habilidades, destrezas y valores para la atención de los problemas de salud de la persona humana. El área de internado rotatorio se realiza en el área hospitalaria poniendo en práctica las cinco especialidades básicas de la medicina: Cirugía general, medicina general, pediatría general, ginecología y obstetricia y salud pública. Al cumplir las cinco rotaciones de internado, el estudiante está apto para realizar su servicio social en la institución que designa el Ministerio de Salud Pública (MINSAL).
La universidad Católica de El Salvador tiene como misión: La formación de personas, inspirada en los principios cristianos y en los conocimientos técnicos y científicos, orientada a una constante búsqueda de la verdad y del uso del saber, para contribuir al uso de tutela y desarrollo de la dignidad humana y de sociedad, mediante la investigación, docencia y proyección social.